論文の査読コメントを受け取ったときに、コメントごとの対応方針と回答文の下書きを作り、改訂した本文の修正箇所との対応表をつける

処理の起点を決める

起点は2つあります。 1つ目は、決定通知の本文と投稿した原稿が案件のフォルダに入ったとき、2つ目は、改訂した原稿と書き込んだ方針の表が入ったときです。プログラムが10分ごとにフォルダを見て、新しいファイルを拾います。

1つ目の起点ではコメントの切り出しだけを行い、回答文は作りません。 方針が決まる前に回答文を作ると、研究者が下書きに引きずられて方針を決めてしまいます。方針を決めるのは、AIの文を読む前にします。

2つ目の起点は、方針の表の全行に方針が書かれていなくても動かします。 方針の空いたコメントは「方針未記入」として返し、書かれたコメントの回答文だけを作ります。改訂の途中でも、どこまで終わったかが一覧で分かるようにするためです。

入力データを集める

質を決めるのは、方針の表の「要点」の欄です。 「受け入れ」とだけ書かれていると、回答文は「ご指摘に感謝し、修正しました」という一般的な文になります。「図3に対照群のデータを足した」「サンプル数の根拠は先行研究の検出力に基づくと説明する」のように、何をしたか、何を言いたいかを研究者が日本語で1〜2行書きます。 AIはそれを英語の回答文にします。

学術誌の投稿規程を入れるのは、生成AIの使い方の決まりが学術誌ごとに違うためです。 ICMJE の推奨では、生成AIを使った著者は、投稿時のカバーレターと原稿の両方でその使い方を説明し、文章の支援に使ったなら謝辞に書くとされています。投稿先がそれを求めているかを、最初に確かめます。

データの取得方法を決める

決定通知はメールの本文をテキストで保存してもらいます。 投稿システムの画面を写した画像では、改行や番号が崩れます。本文をそのまま写したテキストが、切り出しの精度をいちばん左右します。

差分は、段落を単位に取ります。 文字単位の差分は、句読点の修正まで修正箇所として拾い、対応表が長くなります。段落ごとに改訂前後を比べ、変わった段落と、その節の名前・ページ・行番号を一覧にします。 新しく足された段落、消された段落も別の種類として拾います。

補足資料（supplementary material）を直した場合は、本文とは別の差分の一覧にします。 査読者が追加の解析を求めると、結果は補足資料の表に入ることが多く、本文の差分だけを見ると「修正が見つからない」になります。 差分の番号は本文が D-xx、補足資料が S-xx と分け、回答文の修正箇所にどちらも選べるようにします。

AIへ渡す前に整形する

1. 文字の揃え … 決定通知の本文の改行・空白・引用記号を揃えます
2. 査読者の区切り … 「Reviewer 1」「Reviewer #2」のような見出しで、査読者ごとの塊に分けます。見出しの無い通知は、塊に分けずにそのまま渡します
3. 原稿の段落の番号 … 改訂前後の原稿の段落に、節の名前と通し番号を付けます
4. 段落の差分 … 改訂前後で段落を対応させ、変わった・足された・消された段落を一覧にします。各段落に、改訂後の原稿のページと行番号を付けます
5. 差分の番号 … 差分の一覧の各行に D-01 から番号を振ります
6. 共著者の個人情報の除去 … 決定通知に含まれる投稿システムの連絡先などを除きます

4番目の行番号は、改訂後の原稿から取ります。 回答文に書くのは、査読者が開く最後の原稿の行番号だからです。原稿を直すたびに差分を取り直し、回答文の行番号もそれに合わせて作り直します。

5番目の番号が、AIに修正箇所を作らせない仕掛けです。 AIには差分の番号で修正箇所を選ばせ、番号の無い修正箇所はプログラムが捨てます。 対応表の行番号は、AIの出力ではなく差分の一覧から差し込みます。

AIに処理させる

AIの仕事は、2回の呼び出しに分かれます。

要求の種類は、clarify（説明の追加）、analysis（追加の解析・実験）、citation（文献の追加）、language（表現・誤記）、figure（図表）、other の6つです。 種類ごとに並べ替えると、研究者が方針を決めるときに、追加の解析が要るコメントだけを先に見られます。

切り出しで迷いやすい型を3つ挙げます。 文は説明のための架空の例です。

1行目の型を分けないと、回答文が片方の要求にしか答えません。 前半の説明不足に答えて満足し、後半の検定の変更が抜けるのが、第3章の（b）の典型です。3行目は、編集者の要求と査読者の要求が重なるときに、回答をどちらにまとめるかを研究者が決めるための印です。

させないことの表に戻ると、4行目の文献が、最も起きやすく、最も重い失敗です。 査読者に「この点の先行研究を引用せよ」と言われると、AIはもっともらしい著者名と年を書くことがあります。回答文に文献が必要な箇所は「[文献：研究者が入れる]」と空けさせ、研究者が自分で確かめた文献を入れます。

指示内容を固定する

あなたは研究者の回答文（response to reviewers）の下書きを手伝う立場です。
査読コメントへの対応方針は研究者が決めています。あなたは、その方針と要点を
英語の回答文にし、改訂の差分の一覧から対応する修正箇所を選んでください。

【書くこと】
1. response：回答文（英語）。方針と要点に書かれた内容だけで書く
2. change_ids：対応する修正箇所の差分の番号（D-xx）。差分の一覧にある番号だけ
3. status：
   - drafted ........... 回答文を書き、修正箇所を選んだ
   - no_change_found ... 方針は「受け入れ」だが、対応する差分が見つからない
   - no_policy ......... 方針の欄が空

【厳守事項】
- 方針の欄が空のコメントには回答文を書かず、status を no_policy にしてください。
- 要点に書かれていない実験・解析・数値・結果を書かないでください。
- 差分の一覧に無い修正を、"we have revised" のように書かないでください。
  方針が受け入れなのに対応する差分が無ければ、status を no_change_found にしてください。
- 文献を書かないでください。文献が要る箇所は [CITATION: author to insert] と空けてください。
- 反論の方針でも、査読者への感謝と丁寧な言い方を保ってください。
- 回答文の中で原稿の行番号を書かないでください。行番号はプログラムが差し込みます。

【コメント】{comment_id} {reviewer} {comment_text}
【方針】{policy}
【要点（研究者のメモ）】{notes}
【差分の一覧】{diff_list}
【学術誌の回答文の形式】{format_rule}

「行番号を書かない」を明記するのは、AIが差分の一覧の行番号を写し間違えないようにするためです。 行番号は対応表と回答文の両方に、プログラムが差分の一覧から差し込みます。AIの文の中に数字の行番号が入ると、原稿を直し直したときに古い番号が残ります。

no_change_found を用意したのが、第3章の（d）への対策です。 方針は受け入れなのに本文に対応する修正が無い、という状態を、回答文を作る段階で研究者に返します。

出力形式を固定する

2回目の呼び出しでは、コメントごとに次の形のJSONで受け取ります。

{
  "comment_id": "R1-03",
  "reviewer": "Reviewer 1",
  "request_type": "clarify | analysis | citation | language | figure | other",
  "policy": "accept | partial | rebut | additional_analysis",
  "status": "drafted | no_change_found | no_policy",
  "response": "",
  "change_ids": ["D-07"],
  "placeholders": ["CITATION"]
}

1つ目の理由は、答え漏れをプログラムで数えられることです。 1回目の呼び出しで切り出したコメントの番号と、2回目の comment_id を突き合わせ、回答の無いコメント、no_policy と no_change_found のコメントを一覧に出します。

2つ目は、対応表をプログラムで組み立てられることです。 change_ids から差分の一覧の行を引き、節・ページ・行番号を差し込みます。

3つ目は、回答文の形をそろえられることです。 コメントの引用、回答、修正箇所の引用の順で並べ、研究科の様式に書き出します。

研究者には、回答文の下書きの前に、次のような点検の結果を渡します。

【論文】P-2026-071　改訂の回：1回目　コメント：31（査読者3名）

【未回答・方針未記入】
 R2-05 方針未記入（request: analysis）
【修正未確認】
 R1-03 方針は accept だが、対応する差分が見つからない
【文献の挿入待ち】
 R3-02 [CITATION: author to insert]

【回答済み】 28件（対応表：修正箇所 34段落）

研究者が最初に見るべき行を上に置きます。 回答済みの28件より、残りの3件を片付けるほうが、再投稿までの時間を決めます。

システムへ連携する

学術誌の投稿システムとはつなぎません。 再投稿は、研究者が回答文と原稿を確かめたうえで、投稿システムの画面から行います。回答文は著者の名前で出す文書で、送るのは必ず著者です。

共著者への回覧も、研究者が行います。 プログラムが共著者に直接送ると、研究者が直す前の下書きが回ります。

人が確認する

下書きの全体を、責任著者の研究者が読みます。

1. 点検の結果の上の行を片付ける … 方針未記入のコメントに方針を書き、修正未確認のコメントは本文を直すか方針を変えます
2. 文献を入れる … 空けた箇所に、研究者が確かめた文献を入れます
3. 回答文を読む … 要点どおりの内容か、言い過ぎや言い足りない点が無いかを見ます。特に反論の回答は、言い方を研究者の言葉に直します
4. 対応表を流し見る … 修正箇所の行番号が最後の原稿と合っているかを、数件開いて確かめます
5. 生成AIの利用を、投稿先の決まりに沿って書く … カバーレターや謝辞への記載が求められていれば書きます

3番目が、AIに任せられない部分です。 ICMJE の推奨は、生成AIを使った投稿物について人が責任を負うとしています。回答文の一文一文が著者の主張として査読者に読まれます。

目標は、12件をならして1件85分です。 コメントが少なく小幅な修正の論文は短く、追加の解析が多く反論の多い論文は長くかかります。

例外に対処する

最後の行は、使う前に必ず確かめます。 学術誌や出版社ごとに、生成AIを使ってよい範囲と、使ったときに書くべきことが決まっています。認めていない投稿先の論文は、プログラムに入れない運用にします。

記録を残す

• 決定通知の本文と、切り出したコメントの一覧
• 研究者が書いた方針の表（版ごと）
• 改訂前後の原稿と、差分の一覧（版ごと）
• AIの出力のJSONと、点検の結果
• 研究者が直した後の回答文と、再投稿した日
• 投稿先の生成AIに関する方針を確かめた日と、その内容

5つ目と6つ目が、後から最も必要になる記録です。 次の査読の回で「前回の回答で約束した修正が無い」と指摘されたときに、何を約束したかを最終の回答文で確かめます。 生成AIの利用について問われたときは、どの段階で何に使ったかを方針の表とAIの出力から説明できます。

AIの出力と、研究者が直した後の回答文の両方を残すのは、直した量を測るためです。 反論の回答ばかりが大きく直されているなら、指示の言い方か、要点の書き方に原因があります。月に1回、直した量の多い要求の種類を見て、指示と方針の表の欄を見直します。